Entérobactéries résistantes aux antibiotiques et microbiote intestinal : la face cachée de l’iceberg

Résumé

Le microbiote intestinal (MI) ou « flore commensale » constitue notre organe métabolique le plus original par le fait qu’il est constitué de plusieurs centaines d’espèces bactériennes différentes dont la composition est propre à son hôte. S’il n’est pas un organe vital, il joue un rôle certain dans l’immunité, les maladies inflammatoires du tube digestif ou encore la production de vitamines. Pourtant, c’est un organe métabolique que nous altérons régulièrement à chaque prise d’antibiotiques. En effet, quels que soient le type, la posologie, la durée du traitement ou même la voie d’administration, toute prise d’antibiotiques a un effet sur le MI. Le MI est un formidable réservoir de bactéries résistantes et de gènes de résistances. Un des effets secondaires de la prise d’antibiotiques est donc la sélection de bactéries résistantes au détriment des bactéries sensibles. Dans cette revue, nous prendrons l’exemple des bêta-lactamines et des fluoroquinolones (FQ), deux familles majeures d’antibiotiques couramment utilisées en réanimation et pour lesquelles les dommages collatéraux sont majeurs.